核酸提取解析:方法、工作流程及最佳实践
何时考虑无提取(直接PCR)方法
直接转PCR的工作原理
最小的样品体积直接加入一个具有侵略性、热不稳定性的裂解缓冲液中。短暂的高温孵育会使内源性核酸酶失活。抑制剂耐受性工程聚合酶直接从粗裂解液中扩增,完全绕过结合、洗涤和洗脱步骤。
它的优点——以及它的不足
直接转PCR在高丰度基因组DNA基因分型、高滴度病原体筛查以及快速人群规模监测中表现良好,在速度和成本节约超过灵敏度要求的情况下。临界失效模式是数学上的:传统提取方式将核酸浓缩约为10倍(300微升血浆→30微升洗脱液)。直接PCR使用1–2微升未浓缩的原始样本。当目标——循环肿瘤DNA,即靠近LoD的呼吸道病毒——以低滴度存在时,1 μL的剂量在统计上可能含有零拷贝,尽管存在真实感染,仍会产生假阴性。这不是协议故障;它是方法设计中内置的可预测抽样误差。直接转测PCR不适用于cfDNA检测、接近分析检测极限的病毒载量定量,或任何具有验证LoD要求的临床检测。
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